В целях разгрома немеико-фашистской группы армий "Центр" 13.01.45г. началась и 25.04.45г. закончена Восточно-Прусская наступательная операция войск 2 и 3 Белорусских фронтов и Краснознаменного Балтийского фронта. Войска фронтов имели задачу - отсечь группу армий "Центр" от остальных сил немецко-фвшистской армий, прижать ее к морю, расчленив и уничтожив по частям 3-я ВА совместно с 1, 4, и 18 ВА имели задачу - поддержать войска фронтов проводящих операцию. С 6-го февраля 1945г. Ставка Верховного Главнокомандования упразднила 1-й Прибалтийский фронт, а его войска под наименованием Земландской группы вошли в состав 3-го Белорусского фронта, которая 1.04.45 г. была упразднена. Управление группы, части охраны штаба были выведены в резерв.
Координацией действий авиации руководил маршал авиации А.Д.Новиков с оперативной группой прибывшей 24.02.45г. С Начала операции координацией действия авиации руководил маршал авиации Ф.Я.Фалеев.
Перед началом операции в оперативное подчинение 3 ВА прибыли
7 ШАК, 336 БАД, 3 гв. БАД.
Войска 3 Белорусского фронта, разгромив последнюю окружную группировку противника на Землаедском полуострове успешно завершили Восточно - Прусскую операцию. В результате ее проведения была разгромлена разгромлена немецко-фашистская группа армий "Центр в составе 3-ей танковой, 2 и 4 Армий. Наши войска целиком освободили Восточную Пруссию. Было покончено с гнездом прусского милитаризма на востоке. Советские войска заняли важнейшие стратегические позиции на Балтийском море.
С началом Восточно-Прусской операции в составе 3-ей Воздушной Армии на Кенигсбергском направлении входило 696 самолётов, в том числе бомбардировщиков –56, ночних бомбардировщиков -117, штурмовиков –141, истребителей -303, самолётов связи - 79. Воздушная армия совместно с 18 ВА имела задачу - авиационного обеспечения штурма Кенигсберга и наступления 39 и 2 Гвардейской Армии на Земландском полуострове в направлении на Пиллау. Перед руководящим составом соединений и частей ВА. Стояла важная задача, быстро обучить лётний состав умению ориентирования в условиях сложного рельефа местности Восточной Пруссии. В этих целях была организована учеба летчиков и штурмовиков с последующей проверкой на местности.
Боевая деятельность 3 ВА в период проведения Восточно-Прусской операции и входящих в неё Инстербурко-Кенигсбергской операции 13-27.01.1945г. и Кенигсберской, операция проходила в всисключительно тяжелых и сложных условиях. Очень сложным был, как говорилось выше, рельеф местности в связи с его насыщением промышленными и ж/д объектами, наличием очень мошнах военно-инженерных укреплений, а так же в связи со сложным осенне-зимними метеоусловиями.
Авиация Воздушной армии в интересах сухопутных войск вела интенсивную воздушную разведку, проводила авиаподготовку, прикрывала бомбардировщиков, штурмовиков и сухопутные войска, разрушила крупные опорные пункты и другие укреплённые объекты противника наносила удары по аэродромам и ж/д узлам и переправам, скоплениям танков, живой силы противника. Например: при налетах на Либаву было потоплено 20 судов. Более 19 транспортов и боевых кораблей получили серьёзные повреждения; 16 января 1945 г. В день начала операции, авиация 1-ой и 3-ей Воздушной Армии совершила более 2800 самолётовылетов. В общей сложности 3 ВА в Восточно-Прусской операции совершила 18253 самолётовылета, из них: бомбардировщики –1003, штурмовики –3280, истребители –7750, израсходовано 3214 тонн бомб, проведено 33 воздушных боя, сбито 54 самолёта противника, из них 40 – Fv-190 и 14 Bf-109.
Наиболее активно действовали в этой операций: 11-ый ОРАП, 335 ШАД, ночные бомбардировщики которые вели непрерывную разведку Земландского полуострова, Кенигсберга и района южнее его. Активно действовали в тактической глубине 182, 211 и 335 ШАП под прикрытием 11 ИАК. В течении трех дней летчики 6 гв. ШАП фотографировали передний край войск противника перед наступлением на Кенигсберг. Бомбардировочная авиация ВА, совместно с бомбардировщиками 1 ВА и 5 гв. БАК в количестве 246 бомбардировщиков нанесли три массированных удара по городу Кенигсбергу; 7 апреля авиация произвела по городу около 5000 самолётовылетов, а в ночь на 8 апреля 1945г. произведено около 2000 самолётовылетов, главным образом лёгкобомбардировочной авиации. Надежно прикрывали штурмовиков полка "Нормандия-Неман". К исходу дня 8 апреля 1945г. Кенигсберг был отрезан от Земландской группировки. Вечером 9 апреля 1945 г. Москва салютовала в честь взятия Кенигсборга 11-ому ИАК присвоено почётное наименование «Кенигсбергский», 976 ИАП «Инстербургский».
Большую помощь оказывала наземным войскам, действующим на Земландском полуострове, 3 гв.БАД, 335 ШАД, а 11 ИАК и 259 ИАД надежно прикрывали боевые порядки войск. Ежедневно по три боевых валета делала на Пиллау 335 ШАД которая была награждена орденом Ленина, летчики 314 НБАД делали по 10 боевых вылетов в ночь.
Самоотверженно выполняла боевые задания в этой операции: командир авиаэскадрильи 683 ШАП Г.М.Инасаридзе, зам комбрига того же авиаполка ст.л-т П.К.Андреев, зам.к-ров аэ 826 ИАП ст.л-т Ф.И.Тихонов, П.И.Мотков, гв.к-н И.И.Павлов, гв.м-р А.С.Смирнов, к-р звена 826 ШАП ст.л-т Н.Е.Платонов. Всем лётчикам группы 1 гв. ШАП под командованием гвардии капитана И.Н.Селягина - В.Соловьёву, В.Кузнецову, за фотографирование оборонительных сооружений в г.Кенигсберге, в исключительной обстановке присвоено звание Героя Советского Союза. Отважно действовали лётчики 6 гв.ШАП под командованием гвардии капитана И.Ф.Павлова и гвардии ст.л-та В.Е. Соколова, а также группы штурмовиков ведомые героем Советского Союза гвардии старшего лейтенантами С.Г.Яновским и В.Ф. Нечаевым.
К исходу 7 мая 1945года по распоряжению Ставки Верховного Главнокомандующего соединения и части 3 ВА сосредоточились на аэродромах 15 Воздушной Армии для совместных действий с войсками Ленинградского фронта на Курлянском полуострове. В течении 8 и 9 мая 1945г.ими было произведено 1011 самолётовылетов на уничтожение живой силы и техники блокированных войск которые к исходу 9 мая капитулированы. Многие соединения 3 ВА принимала участие в боях на других участках фронта, так например 1 гв.ИАК в Берлинской операции, 3 гв.ШАК в освобождении Венгрии и Чехословакии; 7 ШАК в освобождении Севастополя; 256 ИАД в освобождении Украины и Польши; 1-ый гв., и 5 гв. ИАП в штурме Берлина, за что последнему, присвоено наименование «Берлинский»; 930 комсомольский полк ночных бомбардировщиков, получивший боевое крещение в 3-ей ВА, в дальнейшем прошёл путь в составе 5-ой ВА 2-го Украинского фронта, от Харькова до Брно. За участие в Корсунь-Шевченков операции награждён орденом боевого Красного Знамени Красного Знамени, а за освобождение Трансильвании присвоено почётное наименование «Трансильванский», многие части и соединения 3 ВА награждены орденами СССР, а некоторые из них несколькими.
